È una delle interazioni microbiche più complesse. Difficile definire una linea di confine tra parassitismo e predazione. Si tratta di una relazione tra due organismi in cui solo una specie trae beneficio dall’altra; l’ospite infatti viene generalmente danneggiato.

Ciò può essere dovuto all’acquisizione di nutrienti e alla localizzazione del parassita sulla superficie o all’interno dell’ospite.
Una relazione controllata parassita /ospite può rimanere costante a lungo. Ad esempio nei licheni, il partner fungino viene chiamato micobionte, mentre l’altro partner, alga o cianobatterio, ficobionte.

Recentemente è stato osservato che il lichene si forma soltanto quando i due partner potenziali non hanno nutrienti a sufficienza. In ambienti con una quantità limitata di nutrienti, la relazione tra il fungo e il suo partner fotosintetico si è coevoluta al punto tale che la morfologia del lichene e l’associazione metabolica sono estremamente stabili.

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