Il suolo è popolato da protozoi (la microfauna) che sono in genere predatori di batteri e di funghi.
Tre classi di protozoi sono rappresentate nel terreno: rizopodi, flagellati e ciliati.
I rizopodi comprendono sia organismi la cui massa protoplasmatica è circondata da una pellicola flessibile, sia organismi con membrana rigida composta da chitina o silicea. Possono formare in condizioni sfavorevoli cisti chitinose molto resistenti.
I flagellati sono mobili per uno o due flagelli e si muovono nella fase liquida del terreno.
I ciliati sono pure liberamente mobili, ma differiscono per avere molte ciglia, spesso arrangiate a pettine, che assicurano mobilità alle cellule e le assistono nel convogliare gli alimenti nella bocca o citostoma.
Le analisi dei protozoi del terreno dimostrano che le amebe e i flagellati sono più abbondanti dei ciliati: 1500 amebe, 32000 flagellati e 20 ciliati per grammo di terra.
Il ruolo dei protozoi nel terreno si può esplicare nella limitazione della moltiplicazione dei batteri e di altri Microrganismi, per intervento nella rizosfera, con la stimolazione delle attività microbiche e delle radici delle piante, oppure nella disseminazione di spore fungine in punti distanti da quello di ingestione.
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