Rappresenta quella parte del terreno interessata dal sistema radicale della pianta, dove i microrganismi hanno un effetto sullo sviluppo vegetale in quanto regolano con le loro attività, la disponibilità di elementi nutritivi. Le radici a loro volta possono influenzare la microflora del suolo tramite la produzione di sostanze energetiche e stimolanti che richiamano microrganismi a corto e lungo raggio. L’effetto rizosfera si nota maggiormente nelle zone prossime alle radici, si possono distinguere tre zone nella rizosfera:
I) Edafosfera, da 50 cm a qualche millimetro dalla radice
II) Rizoplano, che comprende lo spessore di terreno vicino alla radice
III) Istosfera, zona in cui i microrganismi sono a contatto con i tessuti radicali
La maggiore densità microbica vicino alle radici è in relazione alla produzione di essudati nutritivi da parte di quest’ultime. Gli escreti radicali possono contenere alfa-alanina, acido aspartico, acido glutamico, glutamina, leucina, isoleucina, serina e valina, ma possono variare da pianta a pianta. Vengono rilasciati anche zuccheri come glucosio, fruttosio, maltosio, saccarosio, ramnosio, xilosio, e arabinosio, mentre tra gli acidi organici troviamo acido acetico, proprionico, butirrico, ossalico, citrico, tartarico, fumarico, glicolico, malico e valerico. Tra i fattori di crescita sono presenti biotina, tiamina, niacina, acido pantotenico, colina, inosite e piridossina.
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