Per i funghi del suolo, che interessano per la loro attività la microbiologia, è importante conoscere le specie attive al momento delle indagini, determinare tutte quelle capaci di partecipare ai processi biologici del terreno e riconoscerne il microhabitat.
I funghi si possono suddividere nei seguenti gruppi ecologici:
– Saprofiti obbligati o funghi del suolo: sugar-funghi o funghi glucofili: con spore dotate di forte potere germinativo; funghi a rapida crescita che permette loro di invadere per primi subatrati freschi, per passare poi allo stato latente, esaurito il nutrimento di elezione (Penicillium, Mucorales);
– Lignin-fungi o funghi della lignina, che operano secondariamente in residui già decomposti, sulle frazioni più resistenti (lignina e composti umici), provvedendo alla elaborazione degli enzimi necessari alla loro degradazione con strutture tipo rizomorfe e sinnemi (Basidiomiceti);
– Funghi delle radici. Parassiti facoltativi polifagi, su resti vegetali o radici vive, ma sofferenti per varie cause;
– parassiti specifici, agenti di marciume radicale di determinate specie di piante ospiti;
– simbionti micorrizici.
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