I microrganismi si possono associare fisicamente ad altri organismi con modalità differenti. Un microrganismo viene definito ectosimbionte quando è localizzato sulla superficie di un altro. Un endosimbionte invece è localizzato all’interno. Ad esempio Thiotrix un batterio che usa zolfo si può attaccare alla superficie di una larva ed esso stesso contiene un parassita batterico.
I funghi micorrizici associati alle radici delle piante contengono spesso batteri endosimbiontici oltre a quelli che vivono sulla loro superficie.
Queste associazioni possono essere intermittenti e cicliche o permanenti.

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