I microrganismi si possono associare fisicamente ad altri organismi con modalità differenti. Un microrganismo viene definito ectosimbionte quando è localizzato sulla superficie di un altro. Di solito, l’ectosimbionte è un organismo piccolo localizzato sulla superficie di un organismo più grande. L’endosimbionte invece è localizzato all’interno di un altro. Mentre le associazioni microbiche più semplici coinvolgono due membri, molti organismi ospitano più di un simbionte. Il termine consorzio può essere usato per descrivere questa relazione fisica. Ad esempio Thiotrix, batterio che usa lo zolfo, si può attaccare alla superficie di una larva ed esso stesso contiene un parassita batterico. I funghi micorrizici associati alle radici delle piante contengono spesso batteri endosimbiontici oltre a quelli che vivono sulle loro superfici.

Tali associazioni possono essere intermittenti e cicliche o permanenti.
Ad esempio:

• Gunnera (angiosperma) – Nostoc (cianobatterio
• Azolla (felce) – Anabaena (cianobatterio)
• Ardisia (angiosperma) – Protobacterium

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