La rizosfera rappresenta quella parte del terreno interessata dal sistema radicale della pianta, dove i microrganismi hanno un effetto sullo sviluppo vegetale in quanto regolano con le loro attività, la disponibilità di elementi nutritivi. Le radici a loro volta possono influenzare la microflora del suolo tramite la produzione di sostanze energetiche e stimolanti che richiamano microrganismi a corto e lungo raggio. Nel suolo infatti si possono trovare un numero notevole di microrganismi che svolgono diverse funzioni. Tra i microrganismi benefici si ricordano i rizobatteri promotori della crescita delle piante (PGPR), che possono vivere vicino alle radici o all’interno di cellule specializzate e sono in grado di stimolare la crescita e difesa delle piante.